Merge pull request #6324 from RosettaCommons/rhiju/swm_revisit_jan2023 hotfix to stepwise monte carlo

• Summary
• code_quality.clang_tidy 「1」
• integration.addsan 「27」
• integration.mpi 「1」
• integration.release_debug 「1」
• integration.tutorials 「1」
• integration.ubsan 「1」
• unit.ubsan 「6」
• unit.valgrind 「9」

Merge pull request #6323 from RosettaCommons/ligand_motifs_protocol2 Post-merge fixed to ligand_motifs_protocol2 PR

• Summary
• code_quality.clang_tidy 「3」
• integration.addsan 「1」
• integration.mpi 「1」
• integration.tutorials 「1」
• integration.ubsan 「1」
• scientific.sb_score12_docking
• unit.ubsan 「3」
• unit.valgrind 「9」

Merge pull request #6322 from RosettaCommons/JackMaguire/noemail Removing my email address from doxygen briefs before going open

• Summary
• code_quality.clang_tidy 「2」
• integration.addsan 「2」
• integration.mpi 「1」
• integration.release_debug 「5」
• integration.tensorflow 「1」
• integration.tutorials 「1」
• integration.ubsan 「2」
• integration.valgrind 「1」
• integration 「3」
• performance 「1」
• scientific.antibody_snugdock
• scientific.fragments_picking.debug
• unit.valgrind 「9」

Merge pull request #6321 from RosettaCommons/sergey/binder updating Binder and fixing PyRosetta build

• Summary
• integration.mpi 「1」
• integration.release_debug 「2」
• integration.ubsan 「2」
• performance 「1」
• scientific.sb_score12_docking

Merge pull request #6317 from RosettaCommons/ligand_motifs_protocol2 This merge introduces protocols/motifs/IdentifyLigandMotifs.cc/hh and a public app to use it apps/public/motif_ligand_discovery/identify_ligand_motifs.cc. This protocol allows the user to collect motifs from a protein-ligand system.

• Summary
• code_quality.clang_tidy 「4」
• integration.mpi 「1」
• integration.release_debug 「3」
• integration.tutorials 「1」
• integration.ubsan 「2」
• integration.valgrind 「1」
• integration 「2」
• scientific.make_fragments.debug
• scientific.make_fragments

dummy commit to trigger test run

• Summary
• code_quality.clang_tidy 「3」
• integration.addsan 「2」
• integration.mpi 「1」
• integration.release_debug 「0」
• integration.tensorflow 「0」
• integration.thread 「0」
• integration.tutorials 「1」
• integration.ubsan 「1」
• integration 「0」
• performance 「0」
• profile 「0」
• scientific.FlexPepDock
• scientific.mp_lipid_acc
• linux.clang.score 「0」
• linux.gcc.score 「0」
• mac.clang.score 「0」
• ubuntu-20.04.clang.python39.unit 「4」

Merge pull request #6306 from RosettaCommons/LDM_fix Fix to my previous merge that threw errors on post0merge tests. Also addresses an issue introduced in protocols/ligand_docking/HighResDocker.cc where a variable was erroneously initially declared as true (and should have been false).

• Summary
• code_quality.clang_tidy 「1」
• integration.addsan 「2」
• integration.mpi 「1」
• integration.release_debug 「15」
• integration.tutorials 「1」
• integration.ubsan 「1」
• integration 「13」
• scientific.antibody_h3_modeling
• scientific.antibody_snugdock
• scientific.fragments_picking.debug
• scientific.make_fragments.debug
• scientific.make_fragments
• scientific.mp_f19_tilt_angle
• scientific.mp_lipid_acc
• scientific.rna_denovo_favorites
• scientific.sb_mpframework2012_mpddg_cartesian.debug
• scientific.sb_mpframework2012_mpddg_cartesian
• scientific.sb_score12_docking
• scientific.sb_talaris13_docking
• scientific.sb_talaris13_fast_design
• scientific.sb_talaris13_relax_fast
• unit.valgrind 「9」

Merge pull request #6307 from RosettaCommons/guangfeng/galiganddock_bugfix Fixed a bug for multires ligand docking

• Summary
• alpine.gcc.build.debug
• gcc-10.gcc.build.debug
• gcc-11.gcc.build.debug
• gcc-9.gcc.build.debug
• gcc-10.gcc.build.release
• gcc-11.gcc.build.release
• gcc-9.gcc.build.release
• code_quality.clang_tidy 「1」
• integration.addsan 「2」
• integration.mpi 「1」
• integration.release_debug 「4」
• integration.tutorials 「1」
• integration.ubsan 「3」
• integration.valgrind 「8」
• integration 「2」
• scientific.antibody_snugdock
• scientific.fragments_picking.debug
• scientific.mp_f19_tilt_angle
• scientific.sb_score12_docking
• unit.valgrind 「9」
• gcc-10.gcc.unit
• gcc-11.gcc.unit
• gcc-9.gcc.unit
• ubuntu-20.04.gcc.python39.unit
• ubuntu-22.04.gcc.python39.unit

Merge pull request #6111 from RosettaCommons/LigandDiscoveryMerge Merging in new protocol for motifs-based ligand docking in main/source/src/protocols/motifs/LigandDiscoverySearch.cc. Public app to run the script located in main/source/src/apps/public/motif_ligand_discovery/ligand_discovery_search_protocol.cc. Integration test that uses the app with the protocol found at main/tests/integration/tests/ligand_motif_discovery.

• Summary
• alpine.gcc.build.debug
• gcc-10.gcc.build.debug
• gcc-11.gcc.build.debug
• gcc-9.gcc.build.debug
• gcc-10.gcc.build.release
• gcc-11.gcc.build.release
• gcc-9.gcc.build.release
• code_quality.clang_tidy 「1」
• integration.addsan 「1」
• integration.mpi 「1」
• integration.release_debug 「15」
• integration.tutorials 「1」
• integration.ubsan 「3」
• integration.valgrind 「8」
• integration 「15」
• scientific.fragments_picking
• scientific.make_fragments.debug
• scientific.make_fragments
• scientific.mp_lipid_acc
• scientific.sb_score12_docking
• unit.valgrind 「9」
• gcc-10.gcc.unit
• gcc-11.gcc.unit
• gcc-9.gcc.unit
• ubuntu-20.04.gcc.python39.unit
• ubuntu-22.04.gcc.python39.unit

Merge pull request #6295 from RosettaCommons/rhiju/no_reload_rna_suite_potential use ScoringManager to prevent re-loading lots of copies of rna_suite_potential in RNA_SuiteEnergy.cc

• Summary
• code_quality.clang_tidy 「2」
• integration.addsan 「2」
• integration.mpi 「1」
• integration.release_debug 「1」
• integration.tensorflow 「1」
• integration.tutorials 「1」
• integration.ubsan 「2」
• integration 「1」
• unit.valgrind 「9」