Merge pull request #6456 from RosettaCommons/moritzertelt/libtorch_gpu Add a dedicated PyTorch GPU scons build and modify MIFST accordingly

• Summary
• code_quality.clang_analysis 「1」
• code_quality.clang_tidy 「5」
• integration.addsan 「1」
• integration.mpi 「1」
• integration.release_debug 「1」
• integration.tensorflow 「1」
• integration.tutorials 「1」
• integration.ubsan 「4」
• integration.valgrind 「5」
• integration 「2」
• maintenance.documentation
• linux.clang.python38.release.PyRosetta.Debug
• scientific.antibody_snugdock
• scientific.mp_lipid_acc
• scientific.protein_data_bank_diagnostic.cif
• scientific.protein_data_bank_diagnostic.full

Merge pull request #6457 from RosettaCommons/roccomoretti/mphbond Fix parse_my_tag for MP framework HBond options. It looks like there is a typo (cut&paste issue) in the parse_my_tag() function for HBondOptions which prevents people from using the XML Set subtag properly for certain mp options.

• Summary
• code_quality.clang_analysis 「1」
• code_quality.clang_tidy 「5」
• integration.addsan 「1」
• integration.mpi 「1」
• integration.release_debug 「3」
• integration.tensorflow 「1」
• integration.tutorials 「1」
• integration.ubsan 「2」
• integration.valgrind 「5」
• integration 「3」
• maintenance.documentation
• scientific.antibody_snugdock
• scientific.fragments_picking.debug
• scientific.protein_data_bank_diagnostic.cif
• scientific.protein_data_bank_diagnostic.full

Merge pull request #6453 from RosettaCommons/moritzertelt/metric_feature_IFA Add a "delta_metrics" option to the InterfaceAnalyzerMover that allows delta calculations between complex and separated state for a list of arbitrary RealMetrics

• Summary
• PyRosetta.notebook
• code_quality.clang_analysis 「1」
• code_quality.clang_tidy 「6」
• integration.addsan 「1」
• integration.mpi 「1」
• integration.release_debug 「5」
• integration.tutorials 「1」
• integration.ubsan 「2」
• integration.valgrind 「5」
• integration 「4」
• maintenance.documentation
• scientific.FlexPepDock
• scientific.make_fragments.debug
• scientific.make_fragments
• scientific.mp_f19_decoy_discrimination.debug
• scientific.mp_f19_decoy_discrimination

Merge pull request #6455 from RosettaCommons/lyskov-patch-1 disabling releasing PyRosetta as git repository

• Summary
• code_quality.clang_tidy 「5」
• integration.mpi 「1」
• integration.release_debug 「2」
• integration 「2」

Merge pull request #6450 from RosettaCommons/moritzertelt/mifst_prediction Add a probabilities metric using the Masked Inverse Folding with Sequence Transfer (MIF-ST) model for prediction

• Summary
• integration.mpi 「2」
• integration.release_debug 「11」
• integration.tensorflow 「1」
• integration.thread 「1」
• integration.tutorials 「1」
• integration 「10」
• scientific.mp_lipid_acc

Merge pull request #6441 from RosettaCommons/sergey/binder adding support for PyRosetta builds with Python-3.12

• Summary
• code_quality.clang_analysis 「1」
• code_quality.clang_tidy 「6」
• integration.addsan 「1」
• integration.mpi 「1」
• integration.release_debug 「4」
• integration.tutorials 「1」
• integration.ubsan 「2」
• integration.valgrind 「5」
• integration 「3」
• maintenance.documentation
• scientific.FlexPepDock
• scientific.fragments_picking.debug
• scientific.ligand_scoring_ranking
• scientific.make_fragments.debug
• scientific.make_fragments
• scientific.mp_f19_decoy_discrimination.debug
• scientific.mp_f19_decoy_discrimination

Merge pull request #6434 from RosettaCommons/moritzertelt/ml_infrastructure Adding four metrics that analyze PerResidueProbabilitiesMetrics in different ways

• Summary
• code_quality.clang_analysis 「1」
• code_quality.clang_tidy 「5」
• integration.addsan 「1」
• integration.mpi 「1」
• integration.release_debug 「6」
• integration.tensorflow 「1」
• integration.tutorials 「1」
• integration.ubsan 「2」
• integration 「5」
• maintenance.documentation
• linux.clang.python39.release.PyRosetta.Debug
• scientific.mp_lipid_acc